Tag Archives: raxml

Построение филогенетического дерева в RAxML – часть 2

В данном упражнении мы рассмотрим быстрый и стандартный варианты бутстреппинга и односложной параметризацией для разных генов при использование метода максимального правдоподобия в программе RaxML Быстрый бутстрэп с односложной параметризацией: Пункты  1 и 2 аналогичны пунктам предыдущего упражнения (то есть имя входного файла с выровненными нуклеотидными последовательностями задается через символ –s, имя выходного файла через –n,… Read More »

Построение филогенетического дерева в RAxML – часть 1

В сегодняшнем упражнении мы рассмотрим один из основных методов реконструкции филогенетического дерева – метод максимального правдоподобия (maximum likelihood) с использованием программы RaxML.  Второй наиболее распорстраненный метод – метод на основе теоремы Байеса (Bayesian inference) – мы проанализируем в одной из следующих статей. Теория, на базе которой проводится реконструкция филогенетического дерева, очень обширна и в данном… Read More »