Tag Archives: phyml

Тестирование эволюционных моделей в батч режиме в программе phyml и JModelTestTesting substitution models in batch mode (R+phyml and JModelTest)

Очень часто при построении филогенетического дерева из нескольких участков генома (например, нескольких генов) возникает необходимость подбора оптимальной модели замены нуклеотидов для каждого участка генома (каждого гена). Особенно важен этот этап тогда, когда в последующем планируется задавать дробление генов (gene partitioning) при реконструкции филогенетического дерева. Например, опция gene partitioning может быть задана в программах MrBayes или BEAST. … Read More »

Реконструкция филогенетических деревьев. Некоторые выводы из практического опытаReconstructing phylogenies: some practical advises from practical experience

Реконструкция филогенетических деревьев, будь то реконструкция дерева видов или генов, – задача нетривиальная. Поэтому в этой заметке я обобщу некоторые наблюдения, накопленные за время практической работы с филогенетическими реконструкциями. Итак, представим, что перед вами стоит цель – реконструировать филогенетическое дерево для некоторой группы организмов. Что нужно учесть, чтобы дерево было публикуемым в научном журнале? Garbage… Read More »

Визуализация филогенетических деревьев и оценка качества их реконструкции

В одном из последних упражнений мы реконструировали филогенетическое дерево для рода ящериц Ctenotus с помощью программы PhyML.  Чтобы ускорить расчеты, реконструкция была продублирована на внешнем сервере. Обработка на домашнем компьютере заняла 45 часов, в сравнении с 7,5 часам на внешнем сервере. Таким образом, еще раз обращаем внимание пользователей на то, что для реконструкции филогенетических деревьев… Read More »

Реконструкция филогенетического дерева с использованием PhyML – часть 2

В предыдущем упражнении мы разобрались с основными настройками доступными в программе PhyML. В этом упражнении мы проведем реконструкцию филогенетического дерева для рода ящериц Ctenotus. Наш набор данных состоит из 4 участков генома (ATP, NADH, 16S и 12S) общей длинной 2955 позиций и 45 видов. Для получения более детальной информации о том, как именно создать такой набор… Read More »

Реконструкция филогенетического дерева с использованием PhyML – часть 1

PhyML – одна из наиболее популярных программ для реконструкции филогенетических деревьев методом максимального правдоподобия. Программа работает как с нуклеотидными, так и с аминокислотными последовательностями. Ключевым преимуществом программы, по сравнению с другими похожими приложениями, является большой спектр моделей нуклеотидных замен, а также широкие возможности исследования топологического пространства филогенетических деревьев (то есть вариантов реконструкций). Кроме того, в… Read More »