Tag Archives: phylogenetic trees

Выпуск новостей 21.10.2012 (#5)News 21.10.2012 (#5)

Накопилось некоторое количество статей и обновлений на сайте, поэтому делаем очередной новостной выпуск. В этом выпуске мы продолжим разговор о реконструкции филогенетических деревьев, обсудим как датировать филогенетическое дерево и выбрать подходящую эволюционную модель, расскажем как оценить сходимость топологии филогении. Кроме того, начинаем публиковать серию статей о полногеномном секвенировании. Пока что публикуем несколько общих вводных статей,… Read More »

Оценка сходимости топологии и параметров филогенетического дерева в MrBayes/BEAST/*BEAST

Ключевым шагом при построении точного филогенетического дерева является оценка точности параметров модели и топологии, а также создание финального, консенсусного дерева. Если при построении дерева использовались методы на основне алгоритма MCMC, то нужно помнить следующее: МСМС алгоритм производит поиск оптимальных параметров эволюционной модели и топологии пошагово. Эти «шаги» называются поколения (generations), вся последовательность поколений называется цепью… Read More »

Тестирование эволюционных моделей в батч режиме в программе phyml и JModelTestTesting substitution models in batch mode (R+phyml and JModelTest)

Очень часто при построении филогенетического дерева из нескольких участков генома (например, нескольких генов) возникает необходимость подбора оптимальной модели замены нуклеотидов для каждого участка генома (каждого гена). Особенно важен этот этап тогда, когда в последующем планируется задавать дробление генов (gene partitioning) при реконструкции филогенетического дерева. Например, опция gene partitioning может быть задана в программах MrBayes или BEAST. … Read More »

Датировка филогенетического дерева в BEAST/BEAUtiDating phylogenies in BEAST/BEAUti

  В этой статье мы используем программу BEAST для реконструкции филогенетического дерева рода Ctenotus.  Установите программу BEAST с сайта разработчиков. Помимо самой программы автоматически будут установлены утилиты: BEAUti, LogCombiner, TreeAnnotator, TreeStat. Для подготовки файла в формате, используемом программой BEAST (xml), воспользуемся утилитой BEAUti. Запустите программу. В главном меню выберите File>Import Data… Укажите в качестве входного… Read More »

Реконструкция филогенетических деревьев. Некоторые выводы из практического опытаReconstructing phylogenies: some practical advises from practical experience

Реконструкция филогенетических деревьев, будь то реконструкция дерева видов или генов, – задача нетривиальная. Поэтому в этой заметке я обобщу некоторые наблюдения, накопленные за время практической работы с филогенетическими реконструкциями. Итак, представим, что перед вами стоит цель – реконструировать филогенетическое дерево для некоторой группы организмов. Что нужно учесть, чтобы дерево было публикуемым в научном журнале? Garbage… Read More »

Моделирование эволюции морфологических признаков – макроэволюционный подход. Пример скриптаEstimating continuous trait evolution with Brownian motion and Ornstein–Uhlenbeck proccesses

При макроэволюционном сравнительном анализе очень часто возникает необходимость обработки большого числа филогенетических деревьев в батч-режиме: например, при тестировании различных гипотез относительно эволюции морфологических признаков (статья Smith, Harmon et al. 2011) или при анализе скорости диверсификации (статья Rabosky and Lovette, 2007). Кроме того, нередко морфологический или экологический признак, эволюция которого оценивается с помощью филогенетического сравнительного анализа,… Read More »

Введение в эволюционные модели. Скрытые замещения и модель Джукса-Кантора

Мы уже неоднократно в разных упражнениях на сайте ссылались на такое понятие, как эволюционная модель. В этом тексте мы начинаем рассказ о том, что же это значит. Все мы хорошо знаем, что существуют 4 нуклеотида, кодирующих ДНК. Кроме того, мы знаем, что эволюционный процесс на генетическом уровне – это череда случайных мутаций, то есть замен… Read More »

Выпуск новостей 02.02.2012 (#4)Выпуск новостей 02.02.2012 (#4)

Публикуем очередной выпуск статей, в которых мы опять рассказываем о методах и программах для реконструкции филогенетических деревьев.  Наиболее подробно в данном выпуске мы осветили особенности (начала!) работы с программой MrBayes. Важно понимать, что реконструкция филогенетических деревьев имеет целый ряд особенностей, поэтому наиболее важному аспекту – оценке качества реконструкции топологии дерева – мы уделим много внимания… Read More »

Априорные распределения в MrBayes: практическая часть

Теперь, после того, как мы немного разобрались с тем, для чего и как используются априорные распределения в методах на основе теоремы Байеса, вернемся к особенностям их использования в программе MrBayes. Обычно, после того, как мы установили параметры эволюционной модели, необходимо выбрать установки для априорных распределений. Всего мы оцениваем 6 типов параметров: топологию дерева (то есть… Read More »

Теорема Байеса и априорные распределения при реконструкции филогенетических деревьев

(картинка для featured image взята отсюда) Априорные распределения – ключевая часть как теоремы Байеса, так и собственно любых методов, использующих данную теорему. Для того, чтобы разобраться, как работает теорема, вспомним, что при использовании традиционного метода максимального правдоподобия, мы расчитываем вероятность получения данных при определенных параметрах. Перебирая параметры, мы оцениваем насколько вероятно получение фиксированного набора наблюдений и… Read More »