Tag Archives: maximum likelihood

Визуализация филогенетических деревьев и оценка качества их реконструкции

В одном из последних упражнений мы реконструировали филогенетическое дерево для рода ящериц Ctenotus с помощью программы PhyML.  Чтобы ускорить расчеты, реконструкция была продублирована на внешнем сервере. Обработка на домашнем компьютере заняла 45 часов, в сравнении с 7,5 часам на внешнем сервере. Таким образом, еще раз обращаем внимание пользователей на то, что для реконструкции филогенетических деревьев… Read More »

Реконструкция филогенетического дерева с использованием PhyML – часть 2

В предыдущем упражнении мы разобрались с основными настройками доступными в программе PhyML. В этом упражнении мы проведем реконструкцию филогенетического дерева для рода ящериц Ctenotus. Наш набор данных состоит из 4 участков генома (ATP, NADH, 16S и 12S) общей длинной 2955 позиций и 45 видов. Для получения более детальной информации о том, как именно создать такой набор… Read More »

Реконструкция филогенетического дерева с использованием PhyML – часть 1

PhyML – одна из наиболее популярных программ для реконструкции филогенетических деревьев методом максимального правдоподобия. Программа работает как с нуклеотидными, так и с аминокислотными последовательностями. Ключевым преимуществом программы, по сравнению с другими похожими приложениями, является большой спектр моделей нуклеотидных замен, а также широкие возможности исследования топологического пространства филогенетических деревьев (то есть вариантов реконструкций). Кроме того, в… Read More »

Построение филогенетического дерева в RAxML – часть 2

В данном упражнении мы рассмотрим быстрый и стандартный варианты бутстреппинга и односложной параметризацией для разных генов при использование метода максимального правдоподобия в программе RaxML Быстрый бутстрэп с односложной параметризацией: Пункты  1 и 2 аналогичны пунктам предыдущего упражнения (то есть имя входного файла с выровненными нуклеотидными последовательностями задается через символ –s, имя выходного файла через –n,… Read More »

Построение филогенетического дерева в RAxML – часть 1

В сегодняшнем упражнении мы рассмотрим один из основных методов реконструкции филогенетического дерева – метод максимального правдоподобия (maximum likelihood) с использованием программы RaxML.  Второй наиболее распорстраненный метод – метод на основе теоремы Байеса (Bayesian inference) – мы проанализируем в одной из следующих статей. Теория, на базе которой проводится реконструкция филогенетического дерева, очень обширна и в данном… Read More »