Tag Archives: how-to

Парсинг данных из GENBANK

Про парсинг генетических данных написано очень много и Интернет наполнен информацией о различных библиотеках на различных языках, поэтому я не буду сейчас в деталях останавливатся на этом вопросе.  Для нашей задачи – а именно подготовка генетических данных для выравнивания и объединения в единый файл (чтобы произвести реконструкцию филогенетического дерева), мы воспользуемся готовой утилитой на Biopython… Read More »

Подготовка данных для моделирования филогенетического дерева

В  предыдущем упражнении мы проверили каким образом можно произвести загрузку и выравнивание нуклеотидных последовательностей из БД GENBANK вручную. В целом, исходя из моего опыта, ручная проверка нуклеотидных последовательностей – задача очень трудоемкая и в определенный момент, если общая протяженность нуклеотидной последовательности, состоящей из разных генов, превышает 7Кб (7000 нуклеотидов), возникает потребность в автоматизации процесса, чтобы… Read More »

Получение генетических данных из БД Genbank

Основным источником генетических данных на данный момент является международная база данных GenBank. База данных открыта для всех и позволяет осуществлять и загрузку и выгрузку данных всеми пользователями. Для поиска и получения данных регистарция необязательна. Поиск и получение данных из GB может осуществляться с помощью нескольких интерфейсов: Самый простой и интутивно понятный интерфейс для получения и… Read More »