Tag Archives: BEAST

Выпуск новостей 21.10.2012 (#5)News 21.10.2012 (#5)

Накопилось некоторое количество статей и обновлений на сайте, поэтому делаем очередной новостной выпуск. В этом выпуске мы продолжим разговор о реконструкции филогенетических деревьев, обсудим как датировать филогенетическое дерево и выбрать подходящую эволюционную модель, расскажем как оценить сходимость топологии филогении. Кроме того, начинаем публиковать серию статей о полногеномном секвенировании. Пока что публикуем несколько общих вводных статей,… Read More »

Оценка сходимости топологии и параметров филогенетического дерева в MrBayes/BEAST/*BEAST

Ключевым шагом при построении точного филогенетического дерева является оценка точности параметров модели и топологии, а также создание финального, консенсусного дерева. Если при построении дерева использовались методы на основне алгоритма MCMC, то нужно помнить следующее: МСМС алгоритм производит поиск оптимальных параметров эволюционной модели и топологии пошагово. Эти «шаги» называются поколения (generations), вся последовательность поколений называется цепью… Read More »

Тестирование эволюционных моделей в батч режиме в программе phyml и JModelTestTesting substitution models in batch mode (R+phyml and JModelTest)

Очень часто при построении филогенетического дерева из нескольких участков генома (например, нескольких генов) возникает необходимость подбора оптимальной модели замены нуклеотидов для каждого участка генома (каждого гена). Особенно важен этот этап тогда, когда в последующем планируется задавать дробление генов (gene partitioning) при реконструкции филогенетического дерева. Например, опция gene partitioning может быть задана в программах MrBayes или BEAST. … Read More »

Датировка филогенетического дерева в BEAST/BEAUtiDating phylogenies in BEAST/BEAUti

  В этой статье мы используем программу BEAST для реконструкции филогенетического дерева рода Ctenotus.  Установите программу BEAST с сайта разработчиков. Помимо самой программы автоматически будут установлены утилиты: BEAUti, LogCombiner, TreeAnnotator, TreeStat. Для подготовки файла в формате, используемом программой BEAST (xml), воспользуемся утилитой BEAUti. Запустите программу. В главном меню выберите File>Import Data… Укажите в качестве входного… Read More »

Реконструкция филогенетических деревьев. Некоторые выводы из практического опытаReconstructing phylogenies: some practical advises from practical experience

Реконструкция филогенетических деревьев, будь то реконструкция дерева видов или генов, – задача нетривиальная. Поэтому в этой заметке я обобщу некоторые наблюдения, накопленные за время практической работы с филогенетическими реконструкциями. Итак, представим, что перед вами стоит цель – реконструировать филогенетическое дерево для некоторой группы организмов. Что нужно учесть, чтобы дерево было публикуемым в научном журнале? Garbage… Read More »