Tag Archives: эволюция

Скрипт для быстрого анализа покрытия генов в базе GENBANKBiopython script to analyse gene coverage in GENBANK for a given taxa

В связи с тем, что объемы информации в базе генетических данных GENBANK растут невероятными темпами, очень часто пользователям приходиться выяснять покрытие генов для определенной таксономической группы. Например, перед тем как провести реконструкцию филогенетического дерева, хочется узнать какие гены являются наиболее полно представленными в базе. При “ручном” решении задача является очень трудоемкой – так как нужно… Read More »

Использование биопитона для батч-обработки фаста-файлов с помощью Mafft

При обработке больших массивов генетических данных очень часто возникает необходимость провести выравнивание последовательностей для отдельных генов в батч-режиме разными методами. Чтобы ускорить такой процесс был написан скрипт на биопитоне, позволяющий автоматизировать эту задачу. В данном скрипте используется пример с программой MAFFT, но при необходимости скрипт можно запускать и с использованием иных программ для выравнивания нуклеотидных… Read More »

Чтение fasta-файлов, их разбивка и объединение

Очень часто возникает задача разбивки и слияния фаста-файлов. Например, это может потребоваться при создание файлов с внешними группами (outgroups), при слияние нескольких фаста-файлов и т.д. Ниже приводяться два небольших скрипта, позволяющих автоматизировать эти две задачи. Первый скрипт позволяет добавить данные из одного фаста-файла в другой (аналог операции append), второй скрипт позволяет разбить фаста-файл с большим… Read More »

Использование LocalBlast (или BLAST+) для поиска и загрузки генетических данных

Для ускорения процесса поиска данных через BLAST в скрипт для поиска и загрузки данных с помощью интерфейсов BLAST/Entrez.  добавлен небольшой блок кода, который позволяет обращаться непосредственно к локальной базе данных BLAST через интерфейс BLAST+.  При использовании локальной базы данных время поиска сокращается в ~4 раза. Для запуска скрипта и поиска в локальной базе данных потребуется установленная на… Read More »

Выпуск новостей 22.10.2011 (#3)

Публикуем очередной выпуск статей, в которых мы продолжаем рассказывать о методах и программах для реконструкции филогенетических деревьев.  Кроме того, возращаясь к теме выравнивания генетических последовательностей, мы рассказываем о программе Gblocks. В разделе скрипты два обновления: наиболее интересным, с нашей точки зрения является скрипт на (bio)python для парсинга данных через интерфейсы BLAST/ENTREZ с конвертацией в формат фаста.… Read More »

Визуализация филогенетических деревьев и оценка качества их реконструкции

В одном из последних упражнений мы реконструировали филогенетическое дерево для рода ящериц Ctenotus с помощью программы PhyML.  Чтобы ускорить расчеты, реконструкция была продублирована на внешнем сервере. Обработка на домашнем компьютере заняла 45 часов, в сравнении с 7,5 часам на внешнем сервере. Таким образом, еще раз обращаем внимание пользователей на то, что для реконструкции филогенетических деревьев… Read More »

Biopython для парсинга данных из GenBank – интерфейсы BLAST/Entrez

Очень часто в работе с большими объемами генетических данных возникает необходимость загрузить и обработать нуклеотидные или аминокислотные последовательности в батч-режиме. В данном упражнении мы покажем как, с использованием небольшого скрипта на языке python,  можно осуществить поиск данных через интефейсы BLAST/Entrez. Задача данного упражнения и скрипта: найти все записи в базе Genbank через интерфейс BLAST (нуклеотидный… Read More »

Выпуск новостей 29.30.2011 (#2)

После летнего перерыва, публикуем второй выпуск новостей нашего сайта. Этим выпуском мы начинаем серию статей, посвященную непосредственно алгоритмам, методам и программам для реконструкции филогенетического дерева. Кроме того, мы открываем раздел “Обзоры статей и книг”, где проводим анализ статьи Derryberry et al. , опубликованной в журнале Evolution и посвященной диверсификации и морфологической эволюции в семействе Печниковых.… Read More »

Диверсификация и морфологическая эволюция в семействе Печниковых

Анализ статьи Derryberry et al. (Статья будет опубликована в одном из выпусков  Evolution в 2011 году, пока что доступна только онлайн). Цель статьи: Проанализировать эволюционные процессы, которые привели к диверсификации (видообразованию) в семействе Печниковых (Furnariidae). Наблюдения о том, как происходит процесс диверсификации: Обычно, процесс диверсификации (diversification), связан с тем, что сначала число видов резко возрастает… Read More »