Tag Archives: филогенетическое дерево

Оценка сходимости топологии и параметров филогенетического дерева в MrBayes/BEAST/*BEAST

Ключевым шагом при построении точного филогенетического дерева является оценка точности параметров модели и топологии, а также создание финального, консенсусного дерева. Если при построении дерева использовались методы на основне алгоритма MCMC, то нужно помнить следующее: МСМС алгоритм производит поиск оптимальных параметров эволюционной модели и топологии пошагово. Эти «шаги» называются поколения (generations), вся последовательность поколений называется цепью… Read More »

Тестирование эволюционных моделей в батч режиме в программе phyml и JModelTestTesting substitution models in batch mode (R+phyml and JModelTest)

Очень часто при построении филогенетического дерева из нескольких участков генома (например, нескольких генов) возникает необходимость подбора оптимальной модели замены нуклеотидов для каждого участка генома (каждого гена). Особенно важен этот этап тогда, когда в последующем планируется задавать дробление генов (gene partitioning) при реконструкции филогенетического дерева. Например, опция gene partitioning может быть задана в программах MrBayes или BEAST. … Read More »

Датировка филогенетического дерева в BEAST/BEAUtiDating phylogenies in BEAST/BEAUti

  В этой статье мы используем программу BEAST для реконструкции филогенетического дерева рода Ctenotus.  Установите программу BEAST с сайта разработчиков. Помимо самой программы автоматически будут установлены утилиты: BEAUti, LogCombiner, TreeAnnotator, TreeStat. Для подготовки файла в формате, используемом программой BEAST (xml), воспользуемся утилитой BEAUti. Запустите программу. В главном меню выберите File>Import Data… Укажите в качестве входного… Read More »

Использование Gblocks для корректировки генетических данных после выравнивания – часть 1

Как уже писалось ранее (здесь и здесь) выравнивание генетических последовательностей является нетривиальной задачей, требующей серьезных усилий особенно при наличии большого числа таксонов. В связи с этим, любая автоматизация и объективность при корректировке выровненных последовательностей позволяет существенно сократить время обработки данных. В этом упражнении мы рассмотрим основные параметры программы Gblock, позволяющей автоматизировать процесс корректировки генетических данных… Read More »

Визуализация филогенетических деревьев и оценка качества их реконструкции

В одном из последних упражнений мы реконструировали филогенетическое дерево для рода ящериц Ctenotus с помощью программы PhyML.  Чтобы ускорить расчеты, реконструкция была продублирована на внешнем сервере. Обработка на домашнем компьютере заняла 45 часов, в сравнении с 7,5 часам на внешнем сервере. Таким образом, еще раз обращаем внимание пользователей на то, что для реконструкции филогенетических деревьев… Read More »

Реконструкция филогенетического дерева с использованием PhyML – часть 2

В предыдущем упражнении мы разобрались с основными настройками доступными в программе PhyML. В этом упражнении мы проведем реконструкцию филогенетического дерева для рода ящериц Ctenotus. Наш набор данных состоит из 4 участков генома (ATP, NADH, 16S и 12S) общей длинной 2955 позиций и 45 видов. Для получения более детальной информации о том, как именно создать такой набор… Read More »

Реконструкция филогенетического дерева с использованием PhyML – часть 1

PhyML – одна из наиболее популярных программ для реконструкции филогенетических деревьев методом максимального правдоподобия. Программа работает как с нуклеотидными, так и с аминокислотными последовательностями. Ключевым преимуществом программы, по сравнению с другими похожими приложениями, является большой спектр моделей нуклеотидных замен, а также широкие возможности исследования топологического пространства филогенетических деревьев (то есть вариантов реконструкций). Кроме того, в… Read More »

Построение филогенетического дерева в RAxML – часть 2

В данном упражнении мы рассмотрим быстрый и стандартный варианты бутстреппинга и односложной параметризацией для разных генов при использование метода максимального правдоподобия в программе RaxML Быстрый бутстрэп с односложной параметризацией: Пункты  1 и 2 аналогичны пунктам предыдущего упражнения (то есть имя входного файла с выровненными нуклеотидными последовательностями задается через символ –s, имя выходного файла через –n,… Read More »

Построение филогенетического дерева в RAxML – часть 1

В сегодняшнем упражнении мы рассмотрим один из основных методов реконструкции филогенетического дерева – метод максимального правдоподобия (maximum likelihood) с использованием программы RaxML.  Второй наиболее распорстраненный метод – метод на основе теоремы Байеса (Bayesian inference) – мы проанализируем в одной из следующих статей. Теория, на базе которой проводится реконструкция филогенетического дерева, очень обширна и в данном… Read More »

Объединение нуклеотидных последовательностей для построения филогенетического дерева

Одна из наиболее трудоемких задач это объединение отдельных участков генома в единый файл (формат NEXUS) и подготовка т.н. блоков для моделирования филогенетического дерева (gene partitioning). Для того, чтобы создать такой файл, мы воспользуемся программой SequenceMatrix. Эта программа замечательна не только тем, что создает правильные блоки и записывает блоки в nexus-файл со всей необходимой вспомогательной информацией,… Read More »