Tag Archives: новости

Выпуск новостей 22.10.2011 (#3)

Публикуем очередной выпуск статей, в которых мы продолжаем рассказывать о методах и программах для реконструкции филогенетических деревьев.  Кроме того, возращаясь к теме выравнивания генетических последовательностей, мы рассказываем о программе Gblocks. В разделе скрипты два обновления: наиболее интересным, с нашей точки зрения является скрипт на (bio)python для парсинга данных через интерфейсы BLAST/ENTREZ с конвертацией в формат фаста.… Read More »

Объявление: загрузка данных в архивах с сайта

Небольшое объявление для читателей сайта, которые хотят не просто прочитать все упражнения, но еще и проверить работают ли они:) (то есть проверить на тех данных, которые используются в упражнениях). По (пока) неизвестным для разработчиков сайта причинам, скачка файлов с нашего фтп-сервера требует обязательного логина и пароля. Так как нам пока не удалось выяснить, каким образом… Read More »

Выпуск новостей 29.30.2011 (#2)

После летнего перерыва, публикуем второй выпуск новостей нашего сайта. Этим выпуском мы начинаем серию статей, посвященную непосредственно алгоритмам, методам и программам для реконструкции филогенетического дерева. Кроме того, мы открываем раздел “Обзоры статей и книг”, где проводим анализ статьи Derryberry et al. , опубликованной в журнале Evolution и посвященной диверсификации и морфологической эволюции в семействе Печниковых.… Read More »

Анонс семинара: Использование R для изучения макроэволюции

Для тех, кому интересны современные методы изучения макроэволюционных процессов: лаборатория Алфаро в Университете Лос-Анджелеса объявляет набор в летнюю школу, которая состоится с 31 Июля по 5 Августа в Санта-Барбаре, США В ходе курса слушатели познакомятся с основами работы на языке R, научатся базовым операциям с филогенетическими деревьями, узнают что такое метод независимых контрастов, филогенетическая регрессия,… Read More »

Запуск раздела “Обзоры статей и книг”

Анализ статьи Derryberry et al. Диверсификация и морфологическая эволюция в семействе Печниковых Этим обзором мы начинаем нашу специальную серию и раздел обзоры. Основная цель – кратко познакомить читателей с содержанием статьи и дать ссылки на все методические решения использованные авторами, таким образом обеспечив возможность повторения результатов. Пока что на сайте еще не так много практических… Read More »

Выпуск новостей 05.06.2011 (#1)

Еще раз рады приветствовать всех на сайте и публикуем первый выпуск новостей, посвященный, в основном, получению и первичной обработке генетических данных. Раздел “Практические руководства” # Получение генетических данных из БД GENBANK # Формат данных GENBANK (поле LOCUS) # Выравнивание последовательностей ДНК (alignment) # Подготовка данных для моделирования филогенетического дерева # Батч-загрузка данных из GENBANK Раздел… Read More »