Tag Archives: геномика

Использование FastQC для оценки качества данных полногеномного секвенирования (на примере данных Solexa/Illumina)

Первым важным шагом при получении данных полногеномного секвенирования является оценка их качества. В этом практическом упражнении мы используем программу FastQC для оценки качества данных полногеномного секвенирования и разберем, каким образом можно использовать простой скрипт на bash для батч-обработки файлов fastqc. Использование батч-скрипта необходимо для того, чтобы автоматически обработать все сырые файлы (они будут в формате… Read More »

Подготовка данных полногеномного секвенирования (Illumina) к сборке геномаPre-processing steps for paired-end Illumina before genome assembly

Первыми шагами сборки генома или картирования заново отсеквенированного генома к уже существующему является оценка качества сырых данных и их предварительная обработка. В данной статье мы начнем обсуждать процеду применимую в полном объеме к данным полученным с прибора Illumina по протоколу >Casava 1.8, paired-end для одного организма (то есть разбивка файлов на отдельные виды по баркодам… Read More »

Выпуск новостей 21.10.2012 (#5)News 21.10.2012 (#5)

Накопилось некоторое количество статей и обновлений на сайте, поэтому делаем очередной новостной выпуск. В этом выпуске мы продолжим разговор о реконструкции филогенетических деревьев, обсудим как датировать филогенетическое дерево и выбрать подходящую эволюционную модель, расскажем как оценить сходимость топологии филогении. Кроме того, начинаем публиковать серию статей о полногеномном секвенировании. Пока что публикуем несколько общих вводных статей,… Read More »

О чем надо не забыть планируя полногеномное секвенирование в научно-исследовательских целяхPlanning a next generation sequencing project: what not to forget

Полногеномное секвенирование ставит перед исследователями и научно-исследовательскими институтами целый список вопросов, которые необходимо решить до проведения самого секвенирования. Выбор (суб)оптимальной стратегии полногеномного секвенирования (ПГС) позволит минимизировать затраты и получить интересные и интерпретируемые результаты. Выделим основные прикладные моменты, которые нужно принять во внимание прежде чем решать, каким именно способом и как проводить полногеномное секвенирование: Возможный бюджет… Read More »