Tag Archives: выравнивание последовательностей

Использование Gblocks для корректировки генетических данных после выравнивания – часть 1

Как уже писалось ранее (здесь и здесь) выравнивание генетических последовательностей является нетривиальной задачей, требующей серьезных усилий особенно при наличии большого числа таксонов. В связи с этим, любая автоматизация и объективность при корректировке выровненных последовательностей позволяет существенно сократить время обработки данных. В этом упражнении мы рассмотрим основные параметры программы Gblock, позволяющей автоматизировать процесс корректировки генетических данных… Read More »

Объединение нуклеотидных последовательностей для построения филогенетического дерева

Одна из наиболее трудоемких задач это объединение отдельных участков генома в единый файл (формат NEXUS) и подготовка т.н. блоков для моделирования филогенетического дерева (gene partitioning). Для того, чтобы создать такой файл, мы воспользуемся программой SequenceMatrix. Эта программа замечательна не только тем, что создает правильные блоки и записывает блоки в nexus-файл со всей необходимой вспомогательной информацией,… Read More »

Выравнивание последовательностей ДНК (alignment)

Обычно, после получения результатов секвенирования (или после загрузки данных из базы Genbank – как например в первом практическом задании) требуется произвести специальную процедуру – процедуру выравния нуклеотидных (или аминокислотных) последовательностей. Процедура выравнивания должна обеспечить нас знанием о том, какие участки ДНК гомологичны друг с другом, и именно на основе различий в нуклеотидных заменах гомологов мы… Read More »