Сборка генома de novo с использованием программы Velvet Using Velvet for de novo genome assembly

Представим, что Вы получили свои первые paired-end данные от Illumina и хотите провести первичную сборку генома в т.н. контиги (contigs). Рассмотрим сборку на примере программы Velvet. Прежде чем приступать к сборке, убедитесь в следующих моментах: У вас есть два (или больше, но четное число) FASTQ файла (ов) с forward и reverse последовательностями (ридами, reads –… Read More »

Введение в программу RIntroduction to R (basics)

Большая часть задач в филогенетике, эмолюционной биологии и биоинформатике решается в настоящее время в программе R. Это бесплатная программа, состоящая из множества отдельных пакетов (модулей, packages), доступ к которым осуществляется через обший интерфейс. Все пакеты разрабатываются различными людьми и обычно каждый пакет имеет какую-то свою специализацию. Например, есть пакеты (ggplot2), который позволяют создавать красивые графики;… Read More »

Основы Байесовского моделированияBasics of Bayesian modelling

Чтобы провести анализ лог-файлов получающихся на выходе из программ BEAST/MrBayes/BEAST* (да и любых других моделей на основе Байесовского моделирования) разберемся в базовых принципах Байесовского моделирования. Модель в биологии Очень часто модель в биологическом анализе  – это de facto некоторое распределение или совокупность распределений, форма которого (которых) определена набором параметров. Например, распределение морфологических признаков в популяции… Read More »

Детектирование позитивного отбора в геномных последовательностях. Теория.Detecting positive selection in genetic sequences. Theory

Одним из наиболее интересных объектов приложения филогенетических реконструкций в эру геномики является поиск нуклеотидных позиций и ветвей филогенетического дерева находящихся (или находившихся) под позитивным отбором. Сразу оговоримся, что в данном случае термин позитивный отбор (positive selection) не является полной аналогией термина «положительный отбор» принятого в эволюционной биологии. Под позитивным отбор подразумевается следующее. При сравнении двух… Read More »

Реконструкция филогенетического дерева в BEAST с использованием стартового дереваPhylogenetic tree in BEAST – using an alternative strarting tree

При реконструкции филогенетического дерева в BEAST иногда может возникать необходимость перезапустить цепь MCMC с использованием некоторого стартового дерева. Такая ситуация может возникать тогда, когда расчет происходит для большого дерева и по какой-то причине процесс был остановлен раньше достижения желаемого количества поколений МСМС. Кроме того, если у вас есть дерево созданное в RAXML/Phyml – то его… Read More »

Использование Sequin для отправки данных в GENBANK. Часть 3. Загрузка данных через SequinUsing SEQIN to submit data into GENBANK. Part 3. Submit data to GENBANK with Sequin

После того, как границы участка кодирующего протеин были определены (часть 1) и нуклеотидные последовательности были выровнены (часть 2) можно приступать к основной части загрузки последовательностей в программу Sequin. Загрузите программу Sequin с сайта NCBI >>>. После запуска программы, появится окно вида: Нажмите кнопку Start new submission. В следующем окне введите название статьи или проекта в рамках которого было произведено секвенирование, а… Read More »

Эволюция экологической ниши рода Babiana семейства Ирисовых на Капском полуострове. Разбор методологии статьи (2)Climate niche evolution in Iridaceae 2

Продолжаем знакомиться с эволюционным моделирование и тестированием моделей у рода Ирисовых Babiana. В предыдущей практической части мы выяснили каким образом можно проанализировать данные с помощью пакета R и подготовить их к эволюционному анализу. Теперь проведем сам анализ. Очень важно сформулировать тестируемую гипотезу.  Как это сделать? Итак, нас интересуется каким образом эволюционировала климатическая ниша у рода Babiana.… Read More »

Эволюция экологической ниши рода Babiana семейства Ирисовых на Капском полуострове. Разбор методологии статьи (1)Climatic niche evolution – macroevolutionary analysis. Tutorial 1

Основная масса статей на сайте посвящена вопросам реконструкции филогенетических деревьев или биоинформатическими задачкам, но для биологов почти все такие задачи являются лишь подготовительными этапами для тестирования интересующей их макро- или микроэволюционнной или экологической гипотезы. Разберем подробнее как именно в настоящее время осуществляется тестирование макроэволюционных гипотез в статьях публикуемых в таких журнал как Evolution, American Naturalist,… Read More »

Использование Sequin для отправки данных в GENBANK. Часть 2. Выравнивание последовательностей с учетом фрейма считывания Using Sequin to submit data into GENBANK. Part 2. Sequence alignment and reading frame

После того, как были определены (смотреть часть 1 этого упражения) границы участка, транслирующегося в аминокислоты (будем называть этот участок экзоном), нам необходимо выровнять остальные гомологичные последовательности относительно референсного. Референсной нуклеотидной последовательностью лучше всего выбирать наиболее длинную из отсеквенированных. Кроме того, именно на этой референсной последовательности нужно определить начальную позицию кодирующего блока как показано в части… Read More »

Использование Sequin для отправки данных в GENBANK. Часть 1. Поиск CDS в нуклеотидных последовательностяхUsing Sequin to submit data into GENBANK. Part 1. Searching start/end position of CDS

Исследователям, работающими с генетическими данными, очень часто бывает необходимо опубликовать полученные новые генетические или геномные последовательности в базе данных GENBANK. К сожалению, процесс загрузки данных в GENBANK очень трудоемок и не всегда очевиден, особенно если нужно загрузить большое число нуклеотидных последовательностей. В этом практическом упражнении (в трех частях) мы разберем все основные этапы подготовки нуклеотидных последовательностей к… Read More »