Category Archives: Новости

Новости, обсуждения

Использование MAFFT для выравнивания нуклеотидных последовательностей при реконструкции больших филогений

Публикуем третью часть серии туториалов, посвященных построению больших филогенетических деревьев. В этом туториале мы рассказываем, как выравнивать нуклеотидные последовательности (матрицы) с помощью программы MAFFT, а также как объединить различные геномные участки в единую матрицу с помощью программы SequenceMatrix. Программа MAFFT удобна тем, что позволяет быстро и точно выравнивать большие матрицы нуклеотидных последовательностей. Кроме того, в… Read More »

Анализ ортологов в геномах трех бактерий Ralstonia с помощью OrthoMCL

Один из наиболее мощных инструментов для кластеризации ортологов – это программа OrthoMCL. Несмотря на свою популярность, это также одна из наиболее трудно устанавливаемых и настраиваемых программ в биоинформатике. Мы постарались максимально упростить работу с этим инструментом в рамках InsideDNA и описываем ниже полный пайплайн для анализа ортологов в OrthoMCL / MCL . Использование сайта InsideDNA бесплатно и открыто… Read More »

Оценка покрытия генов и секвенированных видов в NCBI для реконструкции больших филогений

Одной из наиболее частых задач, с которыми сталкиваются эволюционные биологи в процессе построения филогенетических деревьев и их анализа, является необходимость дополнения существующих последовательностей (например, полученных в лаборатории de novo) последовательностям уже существующими в базе GenBANK. Данная задача обычно сводиться к двум подзадачам: определение покрытия генов в базе (как много уникальных видов было осеквенировано для каждого… Read More »

Объявление и приглашение присоединиться к проекту InsideDNA

Дорогие читатели блога! Столь долгая пауза в написании новых туториалов по филогенетике и биоинформатике была вызвана тем, что мы с моими коллегами трудились над новым сайтом, который, как нам кажется, будет полезен все тем, кому приходится иметь дело с биоинформатическими и другими задачками в каждодневной научной работе. Мы разрабатывали новый сайт целых полтора года и теперь… Read More »

Как работают модели для реконструкции дискретных анцестральных признаков с использованием филогенетических деревьев

Среди сравнительных методов одним из наиболее старых является метод реконструкции предковых дискретных состояний (ancestral character state reconstruction) с использованием филогенетических деревьев.  Исторически, в основе метода  лежали две математических модели: Модель бережливости (parsimony, Maddison et al., 1984) Модель на основе непрерывного марковского процесса (continuous-time Markov process, Pagel , 1994) В настоящее время оценка параметров моделей на… Read More »

Новогодний опросNew Year poll

От всей души поздравляю всех читателей сайта с наступлением нового рабочего года! В новом году – к новым целям. И, в связи с этим, первый опрос на нашем сайте. Расскажите, статьи на какие темы вам было бы наиболее интересно увидеть на нашем сайте в 2014? Рассказать об этом можно либо проголосовав в опроснике на главной… Read More »

Введение в программу RIntroduction to R (basics)

Большая часть задач в филогенетике, эмолюционной биологии и биоинформатике решается в настоящее время в программе R. Это бесплатная программа, состоящая из множества отдельных пакетов (модулей, packages), доступ к которым осуществляется через обший интерфейс. Все пакеты разрабатываются различными людьми и обычно каждый пакет имеет какую-то свою специализацию. Например, есть пакеты (ggplot2), который позволяют создавать красивые графики;… Read More »

Выпуск новостей 21.10.2012 (#5)News 21.10.2012 (#5)

Накопилось некоторое количество статей и обновлений на сайте, поэтому делаем очередной новостной выпуск. В этом выпуске мы продолжим разговор о реконструкции филогенетических деревьев, обсудим как датировать филогенетическое дерево и выбрать подходящую эволюционную модель, расскажем как оценить сходимость топологии филогении. Кроме того, начинаем публиковать серию статей о полногеномном секвенировании. Пока что публикуем несколько общих вводных статей,… Read More »

Запуск форума!Forum is launched!

Мы запускаем тематический форум. Сама идея форума родилась уже довольно давно, но до фактической реализации руки дошли только сейчас. Итак, в форуме на данный момент есть четыре раздела: Филогенетика Биоинформатика Полногеномное секвенирование Работа сайта Более подробное описание смысловой нагрузки каждого раздела дано прямо в форуме. По мере наполнения (надеемся) форума постами и вопросами возможна частичная… Read More »

Выпуск новостей 02.02.2012 (#4)Выпуск новостей 02.02.2012 (#4)

Публикуем очередной выпуск статей, в которых мы опять рассказываем о методах и программах для реконструкции филогенетических деревьев.  Наиболее подробно в данном выпуске мы осветили особенности (начала!) работы с программой MrBayes. Важно понимать, что реконструкция филогенетических деревьев имеет целый ряд особенностей, поэтому наиболее важному аспекту – оценке качества реконструкции топологии дерева – мы уделим много внимания… Read More »