О сайтеAbout

На сайте выделены три основных раздела – практические руководства, обзоры статей и книг и скрипты.

Практические руководства – это набор практикумов, своеобразных рецептов, пошаговым образом описывающих как решить некоторую аналитическую задачу. Обычно, мы стараемся использовать только открытое и бесплатное программное обеспечение для таких задач. В силу специализации автора очень часто решение задачи будет заточено под использование статистического пакета R, но в большинстве случаев любой вопрос можно аналогичным образом решить и в другом программном пакете удобном читателю (например, Mathematica или MatLab). Тоже самое касается скриптов: чаще всего скрипты будут написаны на Perl/Bioperl, реже на Python/Biopython, очень часто на R. Но так как очень часто нашей целью является обсуждение конкретного алгоритма, то реализация кода возможна на любых других языках.

Обзоры статей и книг – это небольшие заметки, в которых будет кратко анализироваться содержание статей и то, каким образом статья была сделана (опять же – говоря лишь о практической составляющей). Обсуждая раздел статьи “Материалы и методы” мы будем стараться давать перекрестные ссылки на практические руководства, чтобы читатели могли сами попробовать сделать тоже самое не тратя много времени на поиск того, как что-то можно реализовать.

Скрипты – как следует из названия, в этом разделе будут публиковаться скрипты и программы, для облегчения и автоматизации задач в области эволюционной биологии. Скрипты не претендуют на абсолютную универсальность, и скорее всего могут быть переписаны с использованием более эффективных алгоритмов, поэтому любые комментарии, дополнения, коррекции или даже переделки кода очень приветствуются.

И в заключении, немного обо мне. Меня зовут Анна Костикова и в данный момент я являюсь PhD студенткой в Университете г. Лозанна, Швейцария. Работу свою веду на факультете экологии и эволюции и занимаюсь разработкой эволюционных моделей для макроэволюционного анализа, а также их “тестированием” на примере семейства Гречишные. Более полную информацию обо мне можно найти, например, на факультетском сайте.  Для связи можно использовать адрес: anna.kostikova[@]gmail.comWelcome to “Phylogenetics and Evolutionary Biology” website! IMPORTANT NOTE: English version of this website is currently under development and translation is done automatically, with google-translator engine, without editing. Please, be aware of this when reading articles. 

The purpose of this site is to distribute knowledge in a form of practicals, tutorials, code blocks and programs that will allow beginners and possibly experts to become familiar with methods in phylogenetics, macroevolutionary biology and bioinformatics (the last one – at a very beginner level) Evolutionary biology, phylogenetics, and molecular biology – a huge area of ​​scientific knowledge growing rapidly and it would be strange to try to fully consider all aspects and problems.Therefore, by the specialization of the author at this stage most of the articles and tutorials will deal with issues of comparative analysis, phylogenetics and macroevolution. Most of the articles written on this point does not claim to infallibility – so any comments and corrections will be accepted with deep gratitude. Of course, we invite all interested persons to participate in the development of the site, and if you suddenly found yourself having a small practical, guide, how-to, review articles, or simply interesting subject – we will gladly publish it on the site. Do not be afraid to participate – to be co-author of the site is interesting and not very hard :). The site has three main sections – practical guidelines, reviews of articles and scripts. Practical Guide – a collection of tutorials, original recipes, describing in a step by step manner how to solve some pracitical task related to the field. Usually, we try to use only an open and free software for such tasks. In view of the author’s expertise is often the solution will be enchanted by the use of statistical package R, but in most cases, any issue can be solved in a similar way in another software package suitable to the reader (eg, Mathematica or MatLab). The same goes for script: scripts are often written in Perl / Bioperl, at least in the Python / Biopython, very often on R. But as is often our aim is to discuss a specific algorithm, the implementation of the code can be in any other languages. Reviews of books and articles – is a small note, which will be briefly analyzed the content of articles and the manner in which the article was made (again – speaking only of the practical component). Section of the article discussing the “Materials and Methods,” we will try to give cross-references to practice guidelines, so that readers can do to try to do the same thing without spending much time searching for how something can be realized. Scripts – as the name implies, this section will be published scripts and programs to facilitate and automate tasks in the field of evolutionary biology. Scripts do not claim absolute universality, and most likely can be rewritten using more efficient algorithms, so any comments, additions, corrections or modifications of code are very welcome.
And finally a bit about me: My name is Anna Kostikova and currently I am a PhD student at the University of Lausanne, Switzerland. I am working at the Department of Ecology and Evolution and in my thesis I am developing macroevolutionary models and “testing” them with an example of Polygonaceae family. More information about me can be found, for instance, in social networks, such as LinkedIn or on our university webpage.

Leave a Reply