Создание диаграммы Венна для сравнения транскриптомов и геномов по результатом обработки OrthoMCL

By | 1 August 2015

Один из наиболее наглядных графиков, используемых в научных статья для сравнения транскриптомов и геномов – это график попарного перекрытия ортологов, транскриптов или генов, найденных в каждом сравниваемом транскриптоме или геноме. Чаще всего для отрисовки такого графика используется диаграмма Венна, так как она очень наглядна и понятна в интерпретации. Тем не менее, удобных иструментов для трансформации данных полученных, например, с помощью программы OrthoMCL  в форматы пригодные для визуализации с помощью диаграммы Венна не существует. В этом туториале мы представляем небольшой инструмент, позволяющей легко преобразовывать выходной файл пайплайна OrthoMCL в формат пригодный для его визуализации в R в виде диаграммы Венна. Кроме того, мы представляем и сам R скрипт для визуализации. Детальный туториал о том, как визуализировать диаграмму Венна для сравнения  транскриптомов и геномов можно прочитать и запустить на ваших собственных данных на сайте InsideDNA.me