Monthly Archives: August 2015

Работа с Phyml при реконструкции больших филогений

Публикуем четвертую часть серии туториалов, посвященных построению больших филогенетических деревьев. В этом туториале мы рассказываем, как с помощью программы Phyml провести реконструкцию филогенетического дерева. В туториале реконструкция делается для матрицы состовленной из нескольких генов в программе SequenceMatrix и выровненных с помощью программы MAFFT. Полное описание туториала можно прочитать на сайте InsideDNA

Использование MAFFT для выравнивания нуклеотидных последовательностей при реконструкции больших филогений

Публикуем третью часть серии туториалов, посвященных построению больших филогенетических деревьев. В этом туториале мы рассказываем, как выравнивать нуклеотидные последовательности (матрицы) с помощью программы MAFFT, а также как объединить различные геномные участки в единую матрицу с помощью программы SequenceMatrix. Программа MAFFT удобна тем, что позволяет быстро и точно выравнивать большие матрицы нуклеотидных последовательностей. Кроме того, в ней реализовано несколько алгоритмов выравнивания, оптимизированных под различные типы входных данных. SequenceMatrix позволяет объединить различные участки генома в единую большую матрицу с учетом названий видов и пропущенных генов в разных видах. Шаг выравания и создания общей матрицы является следующим шагом после получения исходных данных по разным генам из базы NCBI в формате fasta. Полный туториал, а также его запуск можно прочитать и запустить вот здесь.

Создание диаграммы Венна для сравнения транскриптомов и геномов по результатом обработки OrthoMCL

Один из наиболее наглядных графиков, используемых в научных статья для сравнения транскриптомов и геномов – это график попарного перекрытия ортологов, транскриптов или генов, найденных в каждом сравниваемом транскриптоме или геноме. Чаще всего для отрисовки такого графика используется диаграмма Венна, так как она очень наглядна и понятна в интерпретации. Тем не менее, удобных иструментов для трансформации данных полученных, например, с помощью программы OrthoMCL  в форматы пригодные для визуализации с помощью диаграммы Венна не существует. В этом туториале мы представляем небольшой инструмент, позволяющей легко преобразовывать выходной файл пайплайна OrthoMCL в формат пригодный для его визуализации в R в виде диаграммы Венна. Кроме того, мы представляем и сам R скрипт для визуализации. Детальный туториал о том, как визуализировать диаграмму Венна для сравнения  транскриптомов и геномов можно прочитать и запустить на ваших собственных данных на сайте InsideDNA.me