Загрузка данных из NCBI для реконструкции больших филогений – часть 2

By | 28 July 2015

Публикуем продолжение (вторую часть) туториала по получению данных для реконструкции больших филогенетических деревьев. Этот туториал пока доступен на английском языке на сайте InsideDNA.me, но скоро появится и тут на русском. Второй инструмент для загрузки больших объемов данных из NCBI – geneCoverage2fasta позвляет быстро получить фаста-файлы для всех референсных генов  с помощью BLAST. В английском туториале приводим объяснение почему нужно использовать BLAST, а не, к примеру, названия генов или видов для парсинга базы NCBI.