You can change this text in the options panel in the admin
There are tons of ways to configure Magazine Premium... The possibilities are endless!
Секвенирование методом RAD (Restriction site Associated DNA) - один из наиболее эффективных методов секвенирования следующего...
В связи с тем, что объемы информации в базе генетических данных GENBANK растут невероятными...
Реконструкция филогенетических деревьев, будь то реконструкция дерева видов или генов, – задача нетривиальная. Поэтому...
При макроэволюционном сравнительном анализе очень часто возникает необходимость обработки большого числа филогенетических деревьев в...
Мы уже неоднократно в разных упражнениях на сайте ссылались на такое понятие, как эволюционная...
Секвенирование методом RAD (Restriction site Associated DNA) - один из наиболее эффективных методов секвенирования следующего поколония (next-generation sequencing), особенно выгодный в условиях, когда есть необходимость обработать данные для большого числа организмов (например, при изучении эволюционной динамики популяций) или собрать новый геном (de-novo genome assembly) без референсного генома. Для того, чтобы дать возможность читателям ознакомиться подробнее...
Read More »
В связи с тем, что объемы информации в базе генетических данных GENBANK растут невероятными темпами, очень часто пользователям приходиться выяснять покрытие генов для определенной таксономической группы. Например, перед тем как провести реконструкцию филогенетического дерева, хочется узнать какие гены являются наиболее полно представленными в базе. При “ручном” решении задача является очень трудоемкой – так как...
Read More »
Реконструкция филогенетических деревьев, будь то реконструкция дерева видов или генов, – задача нетривиальная. Поэтому в этой заметке я обобщу некоторые наблюдения, накопленные за время практической работы с филогенетическими реконструкциями. Итак, представим, что перед вами стоит цель – реконструировать филогенетическое дерево для некоторой группы организмов. Что нужно учесть, чтобы дерево было публикуемым в научном журнале?...
Read More »
При макроэволюционном сравнительном анализе очень часто возникает необходимость обработки большого числа филогенетических деревьев в батч-режиме: например, при тестировании различных гипотез относительно эволюции морфологических признаков (статья Smith, Harmon et al. 2011) или при анализе скорости диверсификации (статья Rabosky and Lovette, 2007). Кроме того, нередко морфологический или экологический признак, эволюция которого оценивается с помощью филогенетического сравнительного...
Read More »
Мы уже неоднократно в разных упражнениях на сайте ссылались на такое понятие, как эволюционная модель. В этом тексте мы начинаем рассказ о том, что же это значит. Все мы хорошо знаем, что существуют 4 нуклеотида, кодирующих ДНК. Кроме того, мы знаем, что эволюционный процесс на генетическом уровне – это череда случайных мутаций, то есть...
Read More »
Публикуем очередной выпуск статей, в которых мы опять рассказываем о методах и программах для реконструкции филогенетических деревьев. Наиболее подробно в данном выпуске мы осветили особенности (начала!) работы с программой MrBayes. Важно понимать, что реконструкция филогенетических деревьев имеет целый ряд особенностей, поэтому наиболее важному аспекту – оценке качества реконструкции топологии дерева – мы уделим много...
Read More »
Теперь, после того, как мы немного разобрались с тем, для чего и как используются априорные распределения в методах на основе теоремы Байеса, вернемся к особенностям их использования в программе MrBayes. Обычно, после того, как мы установили параметры эволюционной модели, необходимо выбрать установки для априорных распределений. Всего мы оцениваем 6 типов параметров: топологию дерева (то...
Read More »
(картинка для featured image взята отсюда) Априорные распределения – ключевая часть как теоремы Байеса, так и собственно любых методов, использующих данную теорему. Для того, чтобы разобраться, как работает теорема, вспомним, что при использовании традиционного метода максимального правдоподобия, мы расчитываем вероятность получения данных при определенных параметрах. Перебирая параметры, мы оцениваем насколько вероятно получение фиксированного набора наблюдений...
Read More »
Метод Байеса – один из основных методов используемых в филогенетике для реконструкции и поиска оптимальной топологии филогенетического дерева. Более того, в настоящее время методы на основе теоремы Байеса – Bayesian inference (далее по тексту BI) – набирают все большую популярность в различных научных областях, и в том числе и в эволюционной биологии. Использование методов...
Read More »
При обработке больших массивов генетических данных очень часто возникает необходимость провести выравнивание последовательностей для отдельных генов в батч-режиме разными методами. Чтобы ускорить такой процесс был написан скрипт на биопитоне, позволяющий автоматизировать эту задачу. В данном скрипте используется пример с программой MAFFT, но при необходимости скрипт можно запускать и с использованием иных программ для выравнивания...
Read More »
